Il principale ente finanziatore pubblico dei progetti AISPO è il Ministero degli Affari Esteri Italiano, tramite la sua Direzione Generale alla Cooperazione e lo Sviluppo. I progetti possono beneficiare di varie linee di finanziamento, in genere in base al contesto nel quale si realizzano (emergenza, sviluppo, etc..).
Talvolta, in situazioni di emergenza, le risorse provengono da altre istituzioni, come il Dipartimento della Protezione Civile, con il quale AISPO ha sviluppato interventi ad esempio nel post-tsunami in Sri Lanka.
Altri fondi provengono dalla Cooperazione Italiana Decentrata: Regione Lombardia, Provincia e Comune di Milano, Provincia di Bolzano hanno sostenuto negli anni le nostre attività.
Abbiamo sviluppato progetti con fondi affidatici da organizzazioni delle Nazioni Unite (UNICEF, OMS, UNDP, UNHCR, …) e della Unione Europea (ECHO, e fondi di programmi allo sviluppo) e da Fondazioni private come Fondazione Cariplo.
In taluni paesi AISPO ha beneficiato di finanziamenti FAO in progetti di sviluppo agricolo.
E' importante ricordare, comunque, che AISPO cofinanzia parzialmente la maggior parte dei progetti realizzati, e, in taluni casi, vi sono invece iniziative che vengono finanziate esclusivamente grazie alla raccolta fondi da privati.
Per la Nave Ospedale in Colombia, ad esempio, i fondi per la creazione della nave sono stati raccolti grazie soprattutto alla campagna solidale "La Fabbrica del Sorriso", promossa da Mediafriends nel 2007.